De la fondare, PRO BONO a implementat peste 60 de proiecte majore,cu sprijinul unor parteneri precum UNICEF, UNFPA, USAID, UniuneaEuropeană, UN Women și Ministerul Educației și Cercetării. Inițiativele au vizat educația pentru democrație, participarea civică, sănătatea, antreprenoriatul și incluziunea socială.
În 2017, PRO BONO a lansat platforma youth.md, devenită în 2024 o entitate independentă care conectează lunar peste 30 000 de tineri la oportunități de instruire și voluntariat. Tot în 2017 a fost creat TOHATEEN HUB, care timp de 8 ani a implementat proiecte de advocacy și bugetare participativă, iar din 2023 activează separat, gestionat de AO CR TOHATEEN HUB. PRO BONO a dezvoltat proiecte reprezentative precum „Centrul de Management și Cercetare în Domeniul de Tineret”, care a consolidat comunitatea de experți în domeniu, și „Programul de suport pentru APL în planificarea bugetară participativă”.
Printre alte inițiative se numără taberele pentru refugiați, activitățile din rețeaua HUB-urilor antreprenoriale pentru pace, campaniile de educație privind drepturile omului și instruirile pentru tinerii lideri locali. În perioada pandemiei, organizația a desfășurat campanii extinse de informare și prevenire COVID-19 și a promovat un stil de viață sănătos în rândul adolescenților.